Wilkowiecko leży w połowie drogi między Kłobuckiem a Krzepicami. Pierwsze wzmianki o osadzie pochodzą już z XIII stulecia. Wiemy, że w następnym wieku nieliczni mieszkańcy płacili świętopietrze i dziesięcinę. Istniał tutaj folwark rycerski, zagroda sołtysia oraz gospodarstwo plebańskie. W następnych wiekach dobra Wilkowieckie należały do wielu rodzin szlacheckich.

Parafia w Wilkowiecku została utworzona poprzez jej wydzielenie z parafii św. Marcina w Kłobucku w poł. XIV w. Leżała ona wówczas na rubieżach ówczesnej diecezji krakowskiej graniczącej z archidiecezją gnieźnieńską. W okresie reformacji znalazła się na obszarze zamieszek religijnych. Od połowy XVI wieku w parafii nie było proboszcza, a kościół służył innowiercom. Dopiero pod koniec XVI wieku kościół ponownie stał się miejscem kultu katolickiego.

Już w połowie XV w. była tutaj murowana świątynia ukierunkowana zgodnie z dawnymi zwyczajami prezbiterium w kierunku wschodnim, zlokalizowana równolegle do drogi prowadzącej do miejscowości Mokra. Z tej świątyni zachowało się do dzisiaj dawne prezbiterium i kruchta z wieżą. Zostały one wkomponowane w bryłę powstającego w latach 1930-31 r. nowego kościoła zbudowanego staraniem ks. Mieczysława Zawadzkiego, według projektu Józefa Krupy z Warszawy. Poświęcenia kościoła dokonał ówczesny dziekan kłobucki ks. Zygmunt Zawadzki 6 grudnia 1931. Prace nad wystrojem wnętrza kościoła prowadzili kolejni proboszczowie: ks. Franciszek Łojek, ks. Marian Krzyżanowski, a staraniem ks. Władysława Maciąga i ks. Bogdana Kanafy świątynia otrzymała ołtarz główny ku czci św. Jana Chrzciciela, zaprojektowany i wykonany przez Aleksandra Małka z Częstochowy.

Świątynię konsekrował biskup Stanisław Czajka 29 czerwca 1958 r. ustanawiając równocześnie drugim patronem parafii św. Jana Chrzciciela, obok św. Mikołaja BW. Po konsekracji kościoła kolejni proboszczowie doposażali kościół. W latach 60-tych zbudowano 7-głosowe organy. Na początku lat 90-tych staraniem ks. Jerzego Mielczarka  położono kostkę wokół kościoła, wykonano ołtarz i ambonę z marmuru oraz krzyż upamiętniający pobyt Ojca świętego Jana Pawła II na Światowych Dniach Młodzieży w Częstochowie w 1991 r.

Dnia 18.06.1992 r. Biskup Miłosław Kołodziejczyk poświęcił ołtarz i nowe wyposażenie kościoła, składając w mensie ołtarzowej relikwie świętych Męczenników Rzymskich.

W tym czasie także ulica, przy której znajduje się kościół otrzymała nazwę od pochodzącego w Wilkowiecka wybitnego Paulina – Mikołaja z Wilkowiecka (1524-1601. Zapisał się w historii jako autor pierwszego w języku polskim utworu scenicznego pt. „Historyja o chwalebnym Zmartwychwstaniu Pańskim”. Był też cenionym kaznodzieją, a od 1579 r. przeorem na Jasnej Górze. Jego sztuka opracowana na podstawie średniowiecznych tekstów znalazła się w repertuarze wielu polskich teatrów, m.in. w 1962 r. grał ją Teatr Narodowy w Warszawie, a w 1976 r. Teatr J. Słowackiego w Krakowie.

W ostatnich dwu dekadach trwają prace nad odnowieniem kościoła, ze szczególnym uwzględnieniem jego zabytkowej części. Znaczącym wydarzeniem w tym czasie było poświęcenie w dniu 17.04.2021 r. przez Biskupa Andrzeja Przybylskiego drugiego dzwonu, który otrzymał imię Antoni, na pamiątkę jednego z dawnych patronów kościoła i nieistniejącego już ołtarza ku jego czci. Dzwon wykonała firma ludwisarska „Szydlak” z Krotoszyna. Powyższa firma montując dzwon na wieży kościoła w dniu 23.04.2021 r., wykonała także automatykę dzwonów.

Bardzo ciekawą historię posiada tutejszy dzwon, który został odlany już w 1596 r. Po zrabowaniu przez Niemców w czasie II wojny światowej został później odszukany. Był jednak uszkodzony, w związku z czym było go przetopić na nowy. Przy tej okazji umieszczono na nim napis: „Odlała mnie Śląska Odlewnia Dzwonów we Wrocławiu. Jezus, Maria, Boże zachowaj nas. Wilkowiecko 1947”.

W 2022 r. rozpoczęły się prace konserwatorskie w prezbiterium dawnego kościoła, obecnie w tzw. kaplicy Matki Bożej Częstochowskiej.